Das Pathologische Institut ist Kooperationspartner von folgenden Zentren: 

Brustzentrum Flensburg (Alexander Wagner, Gynäkologie und I. von der Ahe, Radiologie) 

Darmzentrum Flensburg (Prof. Dr. med. S. Timm, Chirurgie und Priv.-Doz. Dr. med. A. Franke, Gastroenterologie St. Franzskus-Krankenhaus)

Onkologisches Zentrum Nord (Prof. Dr. med. N. Basara)